在日本，综合征税是指一年内的所有所得（工资所得、比特币收益、其他收益等）按照不同的阶梯缴纳税收。具体计算虚拟货币税收的时候，日本的常驻居民需要纳税的是其在全球范围内取得的总收入。非常驻居民需要纳税的是其来源于日本的收入或向日本境内支付以及汇入日本的来源于境外的收入。非居民需要纳税的是其来源于日本的收入。
在日本，个人计算虚拟货币税金时，首先要先计算损益额。具体计算方法为：卖出数量乘以（卖出价减去买入价）等于损益额。例如，用200万日元购买1个BTC，假如1BTC等于220万日元时卖出，求损益额：损益额等于1乘以（220万减去200万），等于20万日元。按照卖出价和买入价算出损益额，计算税金就会比较简单。
对于虚拟货币交易的监管规则，日本金融厅指出立法的两个目标是保护虚拟货币持有者和交易平台用户，并加强国际协同合作，应对洗钱和恐怖融资等犯罪行为。为了实现这两个目标，日本修正了相关法令，界定了虚拟货币交易平台的法律性质和业务范围，并制定了相应的经营规则和监管规则。
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