长区块链可能会给组织带来挑战，因为它在可扩展性方面遇到了问题。有几个因素在起作用。首先，用于确认交易和保持区块链准确记录的计算机必须存储从创世块到最新块的数据。这些节点必须具备存储数据的能力。冗余虽然创建了一个更安全的系统，但随着网络和区块链的增长，效率也变得越来越低。
其次，在区块链上创建新区块时，确认交易的节点必须将新区块广播到网络上的每个其他节点。然后他们可以验证交易并将区块添加到区块链中。随着网络规模的扩大，这将使用大量的网络资源。在比特币和以太坊等大型公共区块链中，扩容问题可以通过节点要求更高的交易费用来处理交易来解决，以确保对计算资源的投资获得足够的回报。
能源消耗
使用工作量证明系统来确定哪个节点赢得确认链中下一个区块的权利的区块链可能会非常耗能。比特币和以太坊都使用工作量证明模型，其中节点竞争以最快的速度求解复杂方程。随着网络发展，竞争者的数量也增加，他们将争夺更多的计算机能力，这将消耗大量能源。能源消耗效率极低，因为最终只有一个节点赢得确认下一个区块的权利。股权证明模型被认为是解决区块链能源消耗问题的一种方法。然而，这样的系统也带来了挑战。首先，构建好的权益证明系统所需的代码比工作量证明系统复杂得多，可能导致更多的错误和漏洞。其次，单方可能更容易控制大部分质押的加密货币，从而对区块链行使过多的控制权。而工作量证明模型则要求单方获得网络上大部分计算机能力，其他方可以获得额外的计算机能力以夺取控制权并保持区块链的去中心化。尽管存在这些缺点，以太坊正在从工作量证明模型迁移到权益证明模型。
速度
区块链上的交易对于账户之间的转账来说相对较快，但在日常交易中，区块链的去中心化特性导致速度较慢。因为像比特币这样的区块链是完全去中心化的，所以无法保证交易在区块链上得到确认之前。这可能需要很长时间，因为比特币区块链每秒只能处理少量交易。商家可能需要等待一个小时才知道交易是否真实进行。这对于大多数零售交易来说是不切实际的，尽管在金融领域有许多有用的区块链应用。
缺乏通用标准
几乎每种区块链技术的实现都是独一无二的。这使得区块链之间的互操作性变得困难。如果一家公司想与另一家公司的区块链共享数据，他们可能需要开发额外的工具来允许数据在两个区块链之间流动。尽管已经有数十种区块链互操作性解决方案在使用中，但没有一种解决方案适合所有人，这反映了区块链实施的标准碎片化。
此外，开发人员在区块链上创建某些东西（例如智能合约或去中心化金融应用程序）时，由于缺乏通用标准，他们必须重新设计所有内容才能在另一个区块链上提供相同的产品。缺乏标准可能导致代码中的错误，因为开发人员可能不太熟悉正在使用的平台。
隐私
区块链的目标是公开分发。这意味着任何人都可以看到写入区块链的数据。尽管使用区块链钱包地址但交易的其他细节是公开的。尽管发送给朋友的20美元比特币不会引起太多关注，但对于某些数据和交易，需要更高级别的隐私。
私有区块链可以限制谁可以作为节点参与以及谁可以查看交易，以解决隐私问题。私有区块链是企业实施区块链技术而不必担心向公众泄露任何信息的一种方式，但它也有其缺点。由于私有区块链具有授权参与和非参与的权力，因此它不是真正的去中心化。这可能降低公众对基于区块链的产品的信任。隐私问题凸显了区块链技术必须做出的一些权衡。
