最终，吴三桂选择投降清朝，成为清朝统一中原的先锋。接下来的三十年中，吴三桂忠心为清朝效劳，为了讨好新的主子，他竭尽全力。如果那时他对崇祯殚精竭虑，明朝可能不会那么快灭亡。
清朝统一天下的过程中，面临着兵力不足和敌情不熟悉等巨大困难。正是因为吴三桂等一批降将的效忠，才解决了清朝的困境，起到了关键作用。为了奖励他们的功勋，顺治帝和多尔衮给予了吴三桂丰厚的奖赏。吴三桂被封为平西王，地位仅次于皇帝和亲王，他的儿子甚至娶了建宁公主，被封为太子太保，父子都成为清朝核心统治层的一员。
从顺治十六年开始，吴三桂驻扎在云南，开始显示出一个军阀的本色。他一方面掌握着强大的军队，拥有超过10万的兵力，另一方面独霸云南的统治权力，任命官吏，征税。他对朝廷虚与委蛇，引起了朝廷的高度警惕。除了正规军之外，吴三桂还掌握着庞大的武装力量，让年轻的康熙帝感到不安。双方开始明争暗斗，康熙想尽快消灭吴三桂势力，而吴三桂则想保住既得利益，避免灭亡的命运。
当时的局势来看，像吴三桂这样的危及朝廷稳定的军阀，任何皇帝都不会容忍。然而，如何处理吴三桂成为一个大问题。处理得当，皆大欢喜，问题就会迎刃而解。处理不好，则会引发大规模内战，后果不堪设想。三藩之乱爆发时，对康熙来说，局势对他有利。首先，吴三桂已经上了年纪，已经超过六十岁。康熙还年轻，有足够的时间和吴三桂周旋。
如果康熙能够明智一点，稍微冷静些，吴三桂很快就会离世。到那时，无论是他的家人还是他的下属接管云南，他们的威望和影响力都会大大减弱。在那个时候，朝廷可以采取分化瓦解的策略，解决问题。但是年轻的康熙鲁莽而直接，下达了撤销封地的命令。吴三桂被逼到了绝境，愤怒之下，不得不以六十多岁高龄起兵造反，与康熙进行了八年的内战。在这八年间，从陕西到四川、云南、湖南、福建等地都陷入战火，双方投入了近80万兵力，以及巨大的财力物力，给人民带来了巨大的灾难。这场内战成为了一幕历史悲剧。
如果吴三桂没有胃口那么大，只是想划江而治，以建立南北朝的局面来说，清朝的统治就会在康熙手中结束，撤退回关外也是可能的。有人将康熙平定吴三桂的功绩视为他的一大成就，然而恰恰是康熙的鲁莽和失策导致了这场完全可以避免的内战。
